В прошлом человечество пережило войну с расой гигантов Зентреди. После битвы с инопланетными захватчиками, человечество оказалось на грани вымирания и как единственный путь развития было принято решение осваивать космос. За много лет, прошедших с момента катастрофы, люди испели побывать в каждом уголке вселенной. И ныне, в 2059-м году в составе гигантского Иммиграционного Флота корабль Macross Frontier направляется к центру галактики.Во время разведки неисследованного астероидного пояса, разведчик VF-17 Nightmare был уничтожен некой биомеханической формой жизни, Вайра (Vajra), существа которой сразу же после этого атаковали весь 25-й флот. Космические Силы U.N не смогли противостоять на равных пришельцам. После прорыва последней линии обороны командование дает добро на вмешательство в боевые действия организации S.M.S, использующей истребители-варитеки VF-25 Messiah. Истребители S.M.S. смогли уничтожить часть нападавших, после этого начинается война между пришельцами и 25ым колонизационным флотом.

В ходе противостояния вайров и людей вайры неоднократно атакуют флот Фронтира. В это время, во времена затишья, молодая девушка Ранка Ли мечтает подарить свои песни людям . Уже знаменитая певица Шерил Ном, случайно подружившаяся с Ранкой и с пилотом S.M.S Альто Саотоме, подбадривает Ранку, видя в ней талант. Неожиданно Ранка добивается успеха и становится знаменитой на весь Фронтир. А у Шерил, наоборот, начинаются проблемы со здоровьем. Альто, который дружит с обеими девушками, но любит  лиш  одну   и  кскрывает это  от нее. Затем выясняется, что во время песен Ранки вайры ведут себя странно — если во время пения Ранки они атакуют Фронтир, то начинают хуже сражаться. Командование решает воспользоваться этим преимуществом. Но в действительности выясняется, что пение Ранки приманивает вайров и может влиять на их поведение в зависимости от настроения самой Ранки. Затем Ранку заставляют петь, когда она находится в расстроенных чувствах из-за неразрешенного любовного треугольника (Ранка-Альто-Шерил). Из-за этого вайры атакуют Фронтир очень яростно, проникают внутрь многих жилы кораблей и вызывают сильные разрушения. Однако атаку отбили. Ранка отказывается петь.Недавно найденный ею зверек оказывается личинкой вайры, вырастает, и Ранка находит с ним общий язык. Она решает лететь на родину вайров и в этом ей помогает её киборг-телохранитель. Когда они прилетают туда, Ранку захватывает в плен женщина-киборг по имени Грэйс О`Коннор, желающая с помощью Ранки стать хозяйкой вайров, а затем с их помощью поработить человечество. Выясняется, что Ранка — наполовину вайр, поскольку её мать заразилась вирусом вайров незадолго до того, как забеременела Ранкой. На эту же планету движется флот Макроса Фронтира, потому что из-за войны у людских кораблей на исходе все ресурсы, а планета пригодна для обитания. Грэйс, благодаря Ранке, захватывает контроль над вайрами и те нападают на Фронтир, когда флот приближается к планете. Во время сражения флот людей оказывается в тяжелейшем положении, потому что помимо вайров, Грейс управляет ещё и ранее захваченным ею (при помощи одного из чиновников Фронтира) Макросом Галактика. Альто, Шерил и другие герои находятся на краю гибели. Не особо помогает даже то, что во время боя Шерил поет воодушевляющую песню. Что же  будет  дальше и  признается  все таки  Альто  в своих  чувствах  к Шэрил . Это  вы узнаете  только  у  нас...